1954年10月，根据《中华人民共和国宪法》和《人民检察院组织法》，广西省人民检察院（现为广西壮族自治区人民检察院）以桂办函字第19号文件，决定在柳州铁路管理局设立柳州铁路运输检察署。1954年12月，柳州铁路运输检察署改名为柳州铁路运输检察院，下设柳州、南宁铁路运输检察分院。1957年7月，全路检察院及分院宣布撤消，所办检察业务有铁路沿线所在省市、县人民检察院办理。1981年12月14日柳州铁路运输检察院重建。

2007年11月，柳州铁路局搬迁南宁，更名为南宁铁路局，柳州铁路运输检察分院也更名为广西壮族自治区人民检察院南宁铁路运输检察分院。2012年6月13日，宁铁两级检察院正式移交给自治区党委和自治区检察院管理。

柳州铁路运输检察院是广西壮族自治区人民检察院管理的专门检察院，为自治区人民检察院的派出机构，接受自治区人民检察院及宁铁检察分院领导并对其负责，其主要职能是：

1.深入贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想，深入贯彻党的路线方针政策和决策部署，统一柳州铁路运输检察院检察人员思想和行动，坚持党对检察工作的绝对领导，坚决维护习近平总书记党中央的核心、全党的核心地位，坚决维护党中央权威和集中统一领导。

2.贯彻执行上级人民检察院检察工作方针，落实检察工作任务，接受相关业务指导。

3.负责应由柳州铁路运输检察院管辖的刑事犯罪案件的审查批准逮捕、决定逮捕、提起公诉工作。

4.负责应由柳州铁路运输检察院承办的刑事、民事和行政诉讼活动及刑事、民事和行政判决和裁定等生效法律文书执行的法律监督工作。

5.负责应由柳州铁路运输检察院承办的提起公益诉讼工作。

6.负责应由柳州铁路运输检察院承办的对看守所和社区矫正机构等执法活动的法律监督工作。

7.受理向柳州铁路运输检察院的控告申诉

8.组织开展检察理论研究工作

9.负责柳州铁路运输检察院的队伍建设和思想政治工作。依法管理全院检察官及其他检察人员，制定相关人员管理办法，组织开展检察教育培训工作。

10.负责实施检察机关财务装备，检察技术信息工作规划。

11.负责其他应当由柳州铁路运输检察院承办的事项。

12.受理广西跨地级市生态环境保护公益诉讼案件、广西区内涉铁领域公益诉讼案件；在柳州市（市辖区）范围内由自治区公安厅森林公安直属二分局管辖的破坏环境资源领域刑事及相关的刑事附带民事公益诉讼案件；全区行政公益诉讼起诉案件；柳州市公安局机场分局侦查的刑事案件；柳州铁路运输法院管辖的以柳州市人民政府及其行政执法部门为被告的行政诉讼监督案件；经会商自治区高级人民法院、自治区人民检察院认为跨行政区划检察院办理更为适宜的、指定管辖的其他案件。